El 7 de noviembre de 1982 formó parte del grupo de oficiales que depuso al coronel Saye Zerbo, y dentro del Gobierno del general Uedraogo ocupó el puesto de Primer Ministro desde enero hasta mayo de 1983. En este último año fue detenido y cesado.
El 4 de agosto del mismo año, Sankara protagonizó un nuevo golpe de Estado, esta vez contra Jean Baptiste Uedraogo.
Desde entonces se convirtió en jefe del Consejo Nacional de la Revolución y presidente de Burkina Faso.
Considerado como un militar progresista, mantuvo buenas relaciones con el líder libio Muamar al Gaddafi. El 15 de octubre de 1987 fue asesinado durante un golpe de Estado cuya dirección se atribuyó al teniente Blaise Compoare, considerado como el número 2 del régimen instaurado cuatro años antes por Sankara.
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