Dado que los ancestros comunes deben originarse en un lugar geográfico concreto, la divergencia de las especies ocurre no solo en el tiempo sino también en el espacio. Por lo tanto, la distribución espacial de las especies debería ser coherente con las relaciones geográficas predichas por la teoría de la evolución.
Al árbol filogenético estándar predice que las especies nuevas deben originarse cerca de las especies originales de las que se derivan. Es decir, las especies actuales que estén estrechamente relacionadas según criterios anatómicos y bioquímicos deberán encontrarse próximas geográficamente, independientemente de sus hábitats y adaptaciones específicas. Si no lo están deberá existir una explicación lógica, por ejemplo algo que facilite la movilidad (sería el caso de los animales marinos, las aves y las especies transportadas por el hombre, entre otros), la deriva de los continentes o un proceso de divergencia especialmente lejano en el tiempo. En este sentido, la distribución biogeográfica actual debería reflejar la historia de sus orígenes.
Desde posturas creacionistas se podría predecir que la distribución de las especies se corresponderá con la distribución de sus hábitats respectivos, sin embargo, la macroevolución predice justo lo contrario, es decir, la teoría de la evolución predice que deben existir muchos lugares en los que una determinada especie podría vivir y reproducirse con éxito y sin embargo esta especie no se encuentra de forma natural en dichas regiones a causa de barreras geográficas.
Los marsupiales constituyen un buen ejemplo del cumplimiento de esta predicción de la teoría de Darwin. La práctica totalidad de los marsupiales solo viven en Australia, y las escasas excepciones, que se encuentran en América del Sur, pueden explicarse mediante la deriva continental, ya que Australia y Sudamérica formaron parte del continente Gondwana hace entre 500 y 200 millones de años. Por otro lado, los mamíferos placentarios no existían en Australia hasta que fueron llevados allí por los humanos, a pesar de que una vez allí se han extendido con rapidez y Australia se ha revelado con un hábitat perfecto para muchos de ellos.
De un modo similar, los extremos sur de América, África y toda Australia comparten la presencia de peces pulmonados, aves no voladoras del orden de los avestruces, y grupos comunes de anfibios - todos ellos ausentes en cualquier otro lugar. Los reptiles del género Alligator, algunas especies de salamandras gigantes y las magnolias solo aparecen en el este de Norteamérica y el este de Asía, estas dos regiones actuales se encontraban próximas cuando formaban el sur del continente Laurasia hace cientos de millones de años.
Los desiertos de América, el Sahara y Australia presentan hábitats muy similares y las plantas de uno pueden cultivarse y crecer bien en otro. Sin embargo, los cactus indígenas solo viven en América, mientras que la vegetación del Sahara y el desierto australiano esta muy distante a la americana en el árbol filogenético. Los seres humanos introdujeron la única especia de cactus presente en Australia y esta resultó crecer muy bien en su nueva localización.
Las costas al este y al oeste de América del Sur son hábitats muy similares y sin embargo la fauna marina es muy diferente en cada una de ellas. Un ejemplo más, distintos miembros de la familia de la piña habitan en hábitats muy diversos, desde la selva tropical hasta el desierto, pasando por la alta montaña, pero solo en los trópicos americanos, estando ausenten en los trópicos africanos y asiáticos.
A partir de la teoría del ancestro común y de lo que sabemos sobre la distribución de las especies podemos predecir que nunca encontraremos elefantes en islas distantes del pacífico, incluso aunque estos vivirían muy bien en ese ambiente.
Del mismo modo predecimos que no encontraremos anfibios en islas remotas, ni cactus indígenas en Australia. En definitiva, las especies estrechamente relacionadas podrían estar distribuidas por todo el mundo de acuerdo con aquellos hábitats que le sean más favorables pero, tal y como predice la teoría de la evolución, esto no ocurre.
Si esto ocurriese sería un serio problema para explicar el origen de las especies a partir de un ancestro común pero una vez más la evolución acierta y el creacionismo falla, sobre todo si intentemos explicar la distribución de las especies a partir de un solo arca que un tal Noé debió haber construido hace unos 5.000 años.
