Juan Orlando Hernández Alvarado nació el 28 de octubre de 1968 en la ciudad de Gracias, Lempira, en la aldea de Río Grande. Realizó sus estudios en la Universidad Nacional Autónoma de Honduras donde se convirtió en licenciado en Ciencias Jurídicas y Sociales, abogado y notario. Además obtuvo un título de Maestría en Administración Pública con énfasis legislativa en Estados Unidos.
Mientras cursaba sus estudios en la UNAH, Juan Orlando se involucró activamente en la política universitaria hasta llegar a ser Presidente de la Asociación de Estudiantes de Derecho, de 1988 y 1989.
En 1990 su hermano, Marco Augusto ocupó la Primera Secretaría del Poder Legislativo y decidió llamarle para que fuera su Asistente Ejecutivo durante ese periodo y comenzo a relacionarse con el Partido Nacional.