Nació en Teotepeque, El Salvador. Abandonó la carrera de abogacía para incorporarse a la actividad política. Por este motivo fue expulsado de Guatemala, donde permaneció exiliado desde 1920 a 1925. En este período viajó algunas veces a México y militó en los batallones rojos revolucionarios formados por obreros de ese país.
En 1925 participó de la fundación del Partido Socialista Centroamericano. Contra ese partido se desató inmediatamente la represión del general Orellana, tirano de turno en Guatemala, siendo Agustín expulsado del país y deportado a El Salvador.
Se dieron los primeros intentos de organización de campesinos y obreros. Para Martí se abría una nueva etapa en su vida de revolucionario al incorporarse a la Federación Regional de Trabajadores de El Salvador, donde desarrolló una intensa labor.
En 1928 viajó a Estados Unidos. En Nueva York colaboró con la Liga Antiimperialista. Poco después regresó a El Salvador y se trasladó a Las Segovias, Nicaragua, a fin de incorporarse a las huestes guerrilleras de Augusto César Sandino. Ascendió al grado de coronel de las fuerzas que combatían a los marines yanquis y fue nombrado secretario personal de Sandino.
A mediados de 1930 –año de fundación del Partido Comunista de El Salvador- Farabundo regresó a su patria, en calidad de representante del Socorro Rojo Internacional, organismo vinculado a la III Internacional.
La situación política y social alcanzó en El Salvador niveles explosivos.
Este clima de crisis económica y social fue provocado por el hundimiento de los precios del café a raíz del crash capitalista de 1929. La figura de Martí adquirió singular relevancia en una lucha que era organizada y dirigida por el Partido Comunista y la Federación Regional de Trabajadores. Farabundo fue encarcelado y expulsado nuevamente del país, pero logró regresar en febrero de 1931 para liderar la lucha de su pueblo.
La situación en su país se hacía insoportable; la represión de la oligarquía crecía día a día. El Comité Central del Partido Comunista preparó la insurrección y delegó en Martí los aspectos militares del levantamiento; pero a causa de la delación de una monja, Farabundo junto a Alfonso Luna y Mario Zapata –clandestinos en una casa al lado del convento- fueron capturados por las fuerzas policiales en enero de 1932. El 21 de ese mismo mes estalló la insurrección.
Miles de campesinos armados con machetes, aperos de labranza y pocas armas de fuego entablaron un desigual combate contra el ejército.
El levantamiento fue aplastado por las fuerzas represivas y se convirtió en uno de los genocidios más grandes en la historia de América Latina.
Martí, Luna y Zapata fueron llevados el 30 de enero ante un tribunal militar. Martí se negó a defenderse alegando que se tratada de un proceso de una clase contra otra y que no tenía el propósito de ampararse en leyes burguesas, a las que siempre había combatido durante toda su vida. Sus compañeros se comportaron con igual dignidad ante el tribunal.
El 1º de febrero de 1932 los tres patriotas fueron fusilados.
El nombre de Farabundo Martí se ha convertido en símbolo para las fuerzas revolucionarias salvadoreñas.
En 1980 el Partido Comunista de El Salvador se unió con otras cuatro formaciones para crear un grupo guerrillero llamado Frente Farabundo Martí de Liberación Nacional (FMLN), en recuerdo de este pionero de la revolución socialista en Centroamérica; el Frente, de ideología marxista-leninista y apoyado por el Frente Sandinista triunfante en Nicaragua, sostuvo una larga guerra civil contra los gobiernos de la oligarquía salvadoreña hasta 1992.
Desde que en aquel año se firmaran los acuerdos de paz que permitieron su reintegración a la vida civil, el FMLN se convirtió en una fuerza política de izquierdas, con amplia presencia en el Parlamento salvadoreño.
Las elecciones presidenciales, celebradas el 15 de marzo de 2009, dieron como ganador al periodista Mauricio Funes del partido de izquierda FMLN, siendo el primer gobierno de izquierda en la historia del país.
