Nació el padre Ruiz en Chinandega, el 10 de Enero de 1777 e inicio sus estudios en el Colegio Tridentino de San Ramón en la ciudad de León, culminando estos con honores en la Universidad de San Carlos de Guatemala fue el primer indio puro centroamericano en graduarse con titulo universitario.
El Padre Tomás Ruiz Romero fue la encarnación de los curas liberales de la época, entusiasmado con la Revolución Independentista.
La visión del presbítero indígena era aprovechar la independencia para cambiar las estructuras sociales injustas de la Colonia, dándole más justicia social, haciendo más distributiva la riqueza y rescatando la dignidad de los indígenas. Todo ello lo llevó a la acción, convencido de su enérgica pasión republicana.
A principios de 1805 y secundado por el fraile Antonio Moñino, divulgaba en los pueblos de Chinandega, entre indios y mulatos doctrinas revolucionarias. Instigaba el desorden, la rebelión y promovía movimientos contra las autoridades españolas.
El Padre Ruiz demostró mayor radicalismo, al que podía llegar un hombre en materia política en la época colonial y optaba por “minar las bases del sistema de forma violenta”, es decir “con la lucha armada”.
En 1813, el Padre Ruiz dirigía la famosa conspiración de la “Conjura de Belén”, en Ciudad Antigua, Guatemala, pero fue capturado el primero de diciembre de ese año, un día antes que se ejecutara el plan revolucionario y que fracasó por la traición de Pudenciano de la Llana.
Así, una vez capturado y reducido a prisión se le condenó al “garrote vil”, pero la pena no se aplicó y se le dio prisión perpetua.
Estuvo engrillado y encadenado, padeciendo enfermedades y pocas veces miraba el sol por más de seis años y aún en esas condiciones propagaba sus ideas, le decía en carta al rey: "... a pesar de su erróneo sistema de gobierno..." lo que constituía un atrevimiento inaudito para la mentalidad monárquica; propugnaba, por lo tanto, por otro sistema: el de la república, idea liberal que lo condujo a luchar por la Independencia hasta el sacrificio.
Fue indultado seis años después el 13 de diciembre de 1819 (dos años antes de la Independencia - 1821), e inmediatamente pidió la autorización del obispo de Chiapas en México, para su traslado a esa zona.
Luego no se supo nada más de él.
Muy probable, asesinado por las autoridades Españolas.
Sus restos aún no han sido localizados para ser repatriados a la Ciudad de Chinandega, su tierra natal.
Fue un hombre que, viviendo todas las consecuencias de sus convicciones y los ultrajes del martirio, venció a la muerte, proyectándose más allá de su tiempo.
“ Sin embargo, por su ejemplo y su origen indígena, las clases oligarcas que ostentaron el poder después de la Independencia han pretendido marginarlo en la historia ”.